对于软件企业来说，大部分的软件知识产权发生形式表现为对软件著作权的侵权，因此，软件著作权的保护是每个软件知识产权维权的重点。
而软件著作权侵权的难点在于如何收集相关证据以及如何判定侵权？关于如何判定软件著作权侵权，目前在司法实践中主要采用的原则是“实质性相似+接触+排除合理解释法 ” （过错推定） （Access&SubstantialSimilarity），具体分为三个方面：
1、实质性相似判断是难点。司法实践中除了通过简单的对比可以判定外，更多的须依赖专家鉴定的方式来解决，因为软件著作权侵权本身涉及到专业的技术认定，具有一定的复杂性，往往通过司法鉴定的方式认定。
2、接触，即以前曾有研究、复制权利人的软件产品的机会，例如曾经的合作伙伴、销售代理、曾为权利人单位员工等等；
3、排除合法解释法：抗辩的理由一般表现为独立开发中设计巧合、表达方式有限、不同的计算机语言以及来源于第三者（善意）等。
“实质性相似+接触”原则是国际通行的计算机软件著作权侵权判断准则之一。
“实质性相似”指被控侵权的软件在表达方式上与原告的软件存在实质性的相似，主要分为两类情形:
一是文字部分相似，以软件程序代码中引用的百分比为依据来判断;
二是非文字部分相似，主要靠定性分析来，量化分析比较困难。
总的来说，所谓实质性相似应是指软件整体上的相似，包括软件程序的组织结构、处理流程、所用数据结构、所产生的输出方式、所要求的输入形式等方面的相似，并不单纯以引用的文字百分比来判断。
判断“实质性相似”的主要方法：
一是对照法：即对侵权软件和被侵权软件进行直接对比。这种对比包括两段源程序对比、源程序和目标程序间的对比、两段目标程序间的对比。
二是测试法：通过对两个软件进行测试，如果各中间结果都基本一致，则应属于实质性相似，从而构成侵权。
三是逐层分析法：判断两个软件是否构成实质性相似，有时不能拘泥于将两段程序做直接的比较，以相似之处的数量的多寡来认定，而是要从系统设计、功能设计、结构顺序、结果的输入输出等方面逐层分析。
四是整体感觉法：对于“整体上的相似”的判断要求有一个独特的观察角度，即普通软件用户的角度。
五是“掺假”发现法：即在计算机程序中加入一些对程序运行没有意义和作用的指令和符号，如开发者的姓名，单位或者废程序段等等;或是采用很难为盗版者所发现和修改的独特的代码序列，作为“伪装记号”来保护程序。这样，在进行技术鉴定时，如果发现两个软件的这些随机性很强的无意义特征都相同或基本相同，则可以成为证明实质性相似的有力证据。
单凭“实质性相似”并不能判断侵权行为。独立开发时的设计巧合、由于可供选择的表达方式有限等也可能导致软件程序的相似。所以在认定“实质性相似”后，还要判断“接触”事实。
这里的“接触”指被控侵权软件的开发者以前曾有研究、复制权利人的软件产品的机会。我国在法律实践中借鉴了“实质性相似+接触”原则，并引入“排除合理解释”，修正为“实质性相似+接触+排除合理解释”原则，即在认定了实质性相似和接触的情况下，仍允许被告通过对“实质性相似”的合理解释来否认侵权。
“实质性相似+接触+排除合理解释”原则的主要优点是能够合理分配举证责任。
由于计算机软件的“接触”在极短时间内即可实现，对接触事实的举证非常困难。司法实践中，被侵权人举证的往往是侵权人具有接触的条件，是“可能性”而非“事实”。引入“排除合理解释”后，在确认“实质性相似”的基础上，被侵权人举证“接触”的可能性，侵权人举证其“合理解释”。
通过这两个环节，可以更合理地分配原告和被告之间的举证责任，实践中也易于操作。当然，如果被侵权人能够举证接触事实，则可以直接认定侵权事实。
在司法实践中，由于计算机软件兼具“文字作品”和“实用工具”双重属性，确定“思想、表达二分”的具体法律标准一直是个倍受争议的问题。
各种形式的计算机程序的编码(Code)即文字性(Literal)成分都是思想的表达，应受到著作权法的保护；而程序的功能目标，通常认为属于思想领域，是不受著作权法保护的，这两部分的界限非常清晰，随后的难点在于在编码和功能目标之间存在着一个宽泛的模糊区域，是仅通过编码与功能目标的划分所难以规制的。例如：程序的总体结构、接口设计、屏幕显示等所谓程序的非文字(Non-Literal)部分，这部分中间区域哪些属于思想，哪些属于表达，是有待进一步的法律标准来明确的。
美国判断软件著作权侵权的方法参考：
1）SSO法则是解决这一问题的尝试。
所谓SSO，即计算机软件的结构(Structure)、顺序(sequence)和组织(organization)。
程序的结构就是一个程序的各个组成部分的构造以及数据结构；程序的顺序，就是程序各部分在执行过程中的先后顺序，也就是所谓的程序的“流程”；程序的组织，则是程序中各结构及顺序之间的宏观安排。
SSO法则认为，虽然被告的程序与原告的程序代码完全不同，但二者的结构、顺序和组织相同或相近似，仍构成侵犯著作权。这一法则确立于美国Whelan公司诉Jaslow公司案。
由于计算机软件的每一个子程序，乃至细分的各级子程序，都可能既是思想同时也是思想的表达，程序的各个层次又存在着相应的结构和顺序， SSO法则将计算机软件著作权的保护范围扩大到了软件作品的思想，逾越了著作权法的界限。
从计算机软件发展规律来看，开发新软件总要借鉴前人的思想，SSO标准只会强化大公司的垄断地位，不利于鼓励竞争。
同时，在侵权行为认定中严格适用SSO标准将使得对软件的反向工程在法律上变得非常困难，从而遏制可兼容性产品的开发。软件用户在软件的价格、品种等方面也会失去选择的机会，将窒息软件产品的创新，不利于软件技术和产业的发展，有悖于著作权法的宗旨。
2）“抽象-过滤-比较”三步判断法
该判定法认为，判断被告软件中的结构、顺序及组织是否侵犯了原告软件的著作权，应分三步有层次地认定，而不能不加分析地判定结构、顺序和组织相似，就一定构成侵权。
第一步，“抽象法”。把原告、被告作品中属于不受著作权法保护的“思想”本身，从“思想的表达”中剥离。如果两部作品只是创作或设计思想本身相同，即使这种相同十分明显也不构成相同或“实质性相似”。为此，可将软件程序分解为由低到高的不同层次。随着层次的上升，越来越多的“思想”被凸显出来，从而使能够被推定为“思想表达形式”的因素越来越少。
第二步，“过滤法”，即将不受保护的资料与受保护的表达分离开，以限定原告作品著作权保护范围。不受保护的资料在认定上主要有三种方法：
其一是融合学说。该学说认为，当某一思想只有唯一的或为数极少的表达时，则表达与思想融合为一，其中的表达不受著作权保护。
其二，通用元素说。该学说认为作品的表达包含字面表达与非字面表达，字面表达受著作权法保护，但非字面表达只有属于独创性时才有可能受著作权法保护。
其三，公有领域因素说。认为一切属于公有领域的资料都排除在著作权保护之外。
第三步，“对比法”，即经“抽象”和“过滤”之后，把剩下部分进行对比，如果被告作品中仍然有内容与原告作品“实质性相似”，可认定为侵权。具体对比方法主要有三种：
一是“摘要层次”测试法。即将原告的作品和被告的作品做出一系列抽象层次不等的摘要，然后进行比较。如果两者的相似是在思想观念上，就不存在实质性相似。如果两者的相似在表达上，则构成实质性的相似。该检验法一直是美国法院判定实质性相似的占支配地位的方法。
二是“一般读者”检验标准。指在对作品的实质性相似的认定上应从作品的一般读者的角度来考虑。在特定的侵权纠纷中，什么样的人可以作为一般读者是个有争议的问题。因此，对该标准的使用多依赖法官或陪审团的感觉。
三是“作品所针对的读者”检验标准。
这是对“一般读者”标准的修正，指如果作品所针对的读者较为狭窄，读者需要具备特定的专业知识，那么法院调查重点就是接受作品所针对的读者，或者接受那些具有专业知识读者的举证。
“抽象-过滤-比较”三步判断法发展了“思想、表达二分”原则，对判断“实质性相似”提出了新的具体判断准则。但该判断法操作难度较大，对法官的素质和能力提出了更高的要求。
在信息化时代，计算机软件开发与创新能力关系到国家竞争能力，必须对计算机软件著作权进行严格的法律保护。我国目前已初步建立起计算机软件著作权保护的法律体系。当前，最重要的是要正确运用有关法律法规，严厉打击计算机软件侵权行为。司法实践中的一大重点和难点是对计算机软件著作权侵权行为的认定问题。案件具体情况不同，采用的认定方法也不同。
司法实践中，应综合采用“思想、表达二分”法、“实质性相似+接触+排除合理解释”法、 “抽象-过滤-比较”三步判断法等办法，对软件侵权进行认定。同时，要注意计算机软件著作权的权利限制，避免在“合理使用”、“权利穷竭”、“反向工程”等情形下滥用软件著作权的保护规则。
最后，关于侵权赔偿数额的计算问题，分为全部赔偿原则和法定赔偿原则，具体的计算标准为：
（1）给权利人造成的实际损失；
（2）因侵权而获利的数额；
（3）使用盗版软件按正版软件计价；
关于印发《律师事务所从事商标代理业务管理办法》的通知
国家工商行政管理总局 司法部
国家工商行政管理总局、司法部关于印发《律师事务所从事商标代理业务管理办法》的通知
各省、自治区、直辖市工商行政管理局，司法厅（局）：
为了规范律师事务所及其律师从事商标代理的执业行为，维护商标代理法律服务秩序，保障委托人的合法权益，工商总局、司法部联合制定了《律师事务所从事商标代理业务管理办法》，先予印发，请遵照执行。
国家工商行政管理总局 司法部
2012年11月6日
律师事务所从事商标代理业务管理办法
第一章 总 则
第一条 为了规范律师事务所及其律师从事商标代理的执业行为，维护商标代理法律服务秩序，保障委托人的合法权益，根据《中华人民共和国商标法》、《中华人民共和国律师法》等法律、法规、规章的规定，制定本办法。
第二条 律师事务所及其律师从事商标代理业务，适用本办法。
本办法所称律师事务所，是指律师的执业机构。
本办法所称律师，是指依法取得律师执业证书，受律师事务所指派为当事人提供法律服务的执业人员。
第三条 律师事务所及其律师从事商标代理业务，应当依法、诚信、尽责执业，恪守律师职业道德和执业纪律，接受当事人和社会的监督。
第四条 工商行政管理机关和司法行政机关依法对律师事务所及其律师从事商标代理业务活动进行监督管理。
第二章 业务范围及备案
第五条 律师事务所可以接受当事人委托，指派律师办理下列商标代理业务：
（一）代理商标注册申请、变更、续展、转让、补证、质权登记、许可合同备案、异议、注销、撤销以及马德里国际注册等国家工商行政管理总局商标局（以下简称商标局）主管的有关商标事宜；
（二）代理商标注册驳回复审、异议复审、撤销复审及注册商标争议案件等国家工商行政管理总局商标评审委员会（以下简称商评委）主管的有关商标事宜；
（三）代理其他商标国际注册有关事宜；
（四）代理商标侵权证据调查、商标侵权投诉；
（五）代理商标行政复议、诉讼案件；
（六）代理参加商标纠纷调解、仲裁等活动；
（七）担任商标法律顾问，提供商标法律咨询，代写商标法律事务文书；
（八）代理其他商标法律事务。
律师事务所从事前款第一项、第二项商标代理业务，应当向商标局办理备案。
第六条 律师事务所办理备案，应当向商标局提交下列材料：
（一）备案申请书，其中应当载明律师事务所名称、住所、组织形式、负责人、电话、传真、电子邮箱、邮政编码等信息；
（二）加盖本所印章的律师事务所执业许可证复印件。
申请材料齐备的，商标局应当自收到申请之日起15日内完成备案并予以公告；申请材料不齐备的，应当通知申请人补正后予以备案。
第七条 律师事务所名称、住所、负责人、联系方式等备案事项变更的，应当在变更后30日内向商标局办理变更备案。办理变更备案，应当提交下列材料：
（一）变更备案事项申请书；
（二）律师事务所所在地司法行政机关出具的该所变更事项证明文件；
（三）加盖本所印章的律师事务所执业许可证复印件。
变更除名称、住所、负责人以外备案事项的，可以不提交前款第二项规定的材料。
第八条 办理商标代理业务备案的律师事务所终止的，应当向商标局申请结算和注销备案。申请结算，应当提交下列材料（一式两份）：
（一）结算申请书，载明申请事项、开户银行、账号、收款人、经办人及联系方式等；
（二）该所已上报商标局和商评委的商标代理业务清单；
（三）该所出具的授权经办人办理结算手续的证明文件。
商标局应当自收到申请之日起三个月内办结律师事务所结算手续，出具结算证明，注销其从事商标代理业务的备案并予以公告。
第三章 业务规则
第九条 律师承办商标代理业务，应当由律师事务所统一接受委托，与委托人签订书面委托合同，按照国家规定统一收取费用并如实入账。
律师事务所受理商标代理业务，应该依照有关规定进行利益冲突审查，不得违反规定受理与本所承办的法律事务及其委托人有利益冲突的商标代理业务。
第十条 律师承办商标代理业务，应当按照委托合同约定，严格履行代理职责，及时向委托人通报委托事项办理进展情况，无正当理由不得拖延、拒绝代理。
委托事项违法，委托人利用律师提供的服务从事违法活动，委托人故意隐瞒重要事实、隐匿证据或者提供虚假、伪造证据的，律师有权拒绝代理。
第十一条 律师就商标代理出具的法律意见、提供的相关文件，应当符合有关法律、法规、规章的规定，符合商标局、商评委和地方工商行政管理机关的要求，应当真实、准确、完整，并经律师事务所审查无误后盖章出具。
第十二条 向商标局办理备案的律师事务所，应当按规定将商标规费预付款汇至商标局账户。
商标规费预付款余额不足的，由商标局或者商评委按照《商标法实施条例》第十八条第一款的规定，对律师事务所代理的商标申请不予受理。
第十三条 律师事务所及其律师承办商标代理业务，不得委托其他单位或者个人代为办理，不得与非法律服务机构、非商标代理组织合作办理。
第十四条 律师只能在一个律师事务所执业，不得同时在其他商标代理组织从事商标代理业务。
第十五条 律师事务所及其律师承办商标代理业务，应当遵守律师执业保密规定。未经委托人同意，不得将代理事项及相关信息泄露给其他单位或者个人。
第十六条 律师事务所及其律师不得以诋毁其他律师事务所和律师、商标代理组织和商标代理人或者支付介绍费等不正当手段承揽商标代理业务。
第十七条 律师事务所及其律师承办商标代理业务，不得利用提供法律服务的便利牟取当事人争议的权益，不得接受对方当事人的财物或者其他利益，不得与对方当事人或者第三人恶意串通，侵害委托人权益。
第十八条 律师事务所在终止事由发生后，有未办结的商标代理业务的，应当及时与委托人协商终止委托代理关系，或者告知委托人办理变更委托代理手续；委托人为外国人或者外国企业的，应当协助其办理变更委托代理手续。
律师变更执业机构、终止执业或者受到停止执业处罚的，应当在律师事务所安排下，及时办妥其承办但尚未办结的商标代理业务的交接手续。
第十九条 律师事务所应当加强对律师从事商标代理业务的监督，及时纠正律师在商标代理执业活动中的违法违规行为，调处律师在执业中与委托人之间的纠纷。
律师事务所应当组织律师参加商标业务培训，开展经验交流和业务研讨，提高律师商标代理业务水平。
第四章 监督管理
第二十条 律师事务所及其律师从事商标代理业务有违反法律、法规和规章行为，需要给予警告、罚款处罚的，由受理投诉、发现问题的工商行政管理机关、司法行政机关分别依据有关法律、法规和规章的规定实施处罚；需要对律师事务所给予停业整顿或者吊销执业许可证书处罚、对律师给予停止执业或者吊销律师执业证书处罚的，由司法行政机关依法实施处罚；有违反律师行业规范行为的，由律师协会给予相应的行业惩戒。
律师和律师事务所从事商标代理业务的违法行为涉嫌犯罪的，应当移送司法机关处理。
第二十一条 律师事务所及其律师违反本办法第七条、第八条、第十八条的规定，导致商标局或者商评委发出的文件无法按规定时限送达的，其法律后果由律师事务所及其律师承担。
律师事务所及其律师违反本办法第七条、第八条、第十八条的规定，导致送达文件被退回或者被委托人投诉的，经查实，商标局可以按照规定予以公开通报。
第二十二条 律师事务所依法受到停业整顿处罚的，在其停业整顿期间，商标局或者商评委可以暂停受理该律师事务所新的商标代理业务。
向商标局办理备案的律师事务所受到停业整顿处罚的，应当及时将受到处罚的情况及处罚期限报告商标局和商评委。
第二十三条 工商行政管理机关和司法行政机关在查处律师事务所和律师从事商标代理业务违法行为的工作中，应当相互配合，互通情况，建立协调协商机制。对于依法应当由对方实施处罚的，及时移送对方处理；一方实施处罚后，应当将处罚结果书面告知另一方。
第五章 附 则
第二十四条 本办法由国家工商行政管理总局和司法部负责解释。
第二十五条 本办法自2013年1月1日起施行。